在“十二五”规划启动之际，吉林省环保厅厅长王国才指出，“十二五”期间，吉林省环保工作的基本思路是以实现污染物排放总量显著减少、生态环境质量明显改善为目标，通过环境保护促进经济发展方式转变，推动吉林经济社会又好又快发展。

到2015年，松花江吉林流域将消灭劣Ⅴ类水质，出省境断面水质稳定好于Ⅲ类水质标准，辽河流域出省境断面稳定达到国家规定要求，市(州)政府所在城市空气质量稳定达到国家二级标准，80％的县、区城市空气质量稳定达到国家二级标准。为推进资源节约型和环境友好型社会的建设，“十二五”时期，吉林省环保厅将按照投资拉动、项目带动、创新驱动的战略要求规划重点工程。

实施重点流域水污染防治工程。重点加强松花江流域支流的综合治理，开展主要污染物排污权交易试点。重点治理辽河流域干流水环境污染，强化条子河、招苏台河的水污染防治。建设完成水质自动监测站，形成国控、省控断面的自动监控网络。

实施污染减排工程。重点抓好造纸、农副产品加工、化工、医药、电力、冶金、建材等行业污染减排；突出结构减排，强化管理减排，对污染治理设施运行状况进行实时监控。

实施城市环境综合整治工程。在“十二五”初期县县建有污水处理厂的基础上，加快建设重点建制镇污水处理厂，加强现有污水处理厂的升级改造，提高污水收集率。

实施农村环境连片整治和生态保护工程。因地制宜发展农业循环经济，减少面源污染；开展省级土壤环境功能区划，进行土壤污染修复试点示范；加强生态环境破坏地区的恢复性建设。

实施环境监管能力建设工程。继续加强各级环境监测站特别是县级环境监测站的标准化建设；有步骤地建设国控省控断面和空气点位自动监测站；加快推进环境监察标准化建设。